Protokół kontroli, nawet jeśli zawiera wnioski dotyczące zwrotu dotacji, a także ewentualne zalecenia pokontrolne, nie stanowi prawnie wiążącego zobowiązania dla organu prowadzącego do zwrotu zakwestionowanej części dotacji. Oczywiście, gdy osoba prowadząca zgadza się z ustaleniami i potwierdza swoją winę, czy to w nienależnym pobraniu, czy niezgodnym z przepisami wykorzystaniu dotacji, może dobrowolnie zwrócić ustalone w taki sposób kwoty, często nawet bez odsetek, gdyż mogą one być liczone, począwszy od daty ustaleń dokonanych w protokole.